Nach der Einführung des EEG im Jahr 2000 erhalten Biogasanlagen zunächst eine feste Vergütung für den erzeugten Strom. Bis zum Jahr 2012 wurden Biogas- und Biomethan-BHKW daher überwiegend in Grundlast betrieben. Mit der Novellierung des EEG 2012 schaffte die Bundesregierung mit der Einführung der Direktvermarktung und der Flexibilitätsprämie erstmals Anreize zur bedarfsgerechten Stromerzeugung aus Biogas. Diese Option schloss auch alle Bestandsanlagen ein.

Mit Hilfe der sogenannten Flexprämie sollten für einen flexiblen Anlagenbetrieb notwendige Investitionen in Anlagenkomponenten, z. B. in zusätzliche Gas-und Wärmespeicher oder in BHKW, teilweise refinanziert werden. Der erzeugte Strom konnte durch die Einführung der Direktvermarktung im Gegensatz zur klassischen EEG-Festvergütung, z. B. über die Strombörse, vermarktet werden. So können zusätzliche Einnahmen durch die Verlagerung der Stromproduktion in Hochpreiszeiten erreicht werden. Mit dem EEG 2014 und dem EEG 2017 wurde die Direktvermarktung und die Flexprämie für Bestandsanlagen fortgeführt und durch den sogenannten Flexibilitätszuschlag für Neuanlagen ergänzt. Wegen der drastischen Kürzung der Einspeisevergütung gab es seitdem keinen nennenswerten Zubau mehr.

Mit dem EEG 2017 wurde das Ausschreibungsmodell eingeführt und die Vergütung durch ein offenes wettbewerbliches Bieterverfahren weiter an die Regeln der Marktwirtschaft angepasst. Die Zahlungshöhe wird durch regelmäßige Ausschreibungen der installierten Biogasleistung durch die Bundesnetzagentur ermittelt. Die Flexibilisierung ist Bedingung für die Teilnahme an den Ausschreibungen.  Damit haben Bestandsanlagen, die ab dem Jahr 2020 sukzessive das Ende der ersten Förderperiode erreichen, zumindest eine Chance zum Weiterbetrieb.

Mit dem EEG 2021 wurde die Flexibilisierung durch die Anhebung der Höchstgebotswerte, des Flexibilitätszuschlags und der Flexibilitätsprämie weiter angereizt. In der Vergangenheit fuhren viele Biogasanlagen, trotz Erhalt der Flexibilitätsprämie, weiter Grundlast. Erst durch die Begrenzung der jährlichen Strommenge („Bemessungsleistung“) und durch definierte Qualitätskriterien hinsichtlich BHKW-Laufzeiten, werden Biogas-und Biomethan-BHKW in eine konsequent flexible Betriebsweise gelenkt.